22 Tháng 8 năm 1155 (Kyūju 2, ngày thứ 23 của tháng thứ 7): Thiên hoàng Konoe đột ngột băng hà mà không để lại người thừa kế[5]. Ngay sau đó, cha ông là Pháp hoàng Toba cử anh trai ông là thân vương Masahito ra lãnh chiếu kế vị.

Ngày 23 tháng 8 năm 1155 (Kyūju 2, ngày 24 tháng 7): Trong năm thứ 14 của triều đại, Thiên hoàng Konoe chính thức băng hà. Theo lệnh của cha, thân vương Masahito lên ngôi (sokui)[6], lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Shirakawa. Ông tiếp tục dùng niên hiệu của em trai là Kyūju (1155-1156).

Go-Shirakawa lên ngôi trong tình cảnh nội bộ nước Nhật chia năm xẻ bảy giữa các phe phái; một phe ủng hộ cựu Thiên hoàng Sutoku trở lại ngôi vua, phe còn lại ủng hộ tân Thiên hoàng mới kế vị. Để củng cố ngôi vua, Thiên hoàng cố gắng làm giảm ảnh hưởng của gia tộc Fujiwara và tăng sức mạnh của các samurai và các dòng họ khác như Taira, Minamoto. Do chính sách này của ông nên Taira no Kiyomori giành được quyền lực và công khai đối phó với các dòng họ khác, nhất là dòng họ luôn ủng hộ cựu Thiên hoàng Sutoku phục vị. Nhưng có lẽ do ưu tiên quá nhiều cho các quý tộc dùng samurai để ổn định trật tự quốc gia nên Go-Shirakawa vô tình thúc đẩy tầng lớp võ sĩ bành trướng thế lực, dẫn tới thành lập Mạc phủ Kamakura - chính quyền của giới quân sự ở Nhật Bản phong kiến (1185).

Đồng thời, chính sách của Go-Shirakawa làm mâu thuẫn giữa các phe ngày càng gay gắt. Phe Thượng hoàng Sutoku vì muốn cho con trai của Thượng hoàng lên kế vị đã kéo quân do các tướng của họ Taira và Minamoto (Tameyoshi, Tametomo) tấn công phe Thiên hoàng. Cuộc tiến công giữa hai phe Thượng hoàng và Thiên hoàng nhằm xác lập quyền lực của hai vị vua được gọi là loạn Hōgen (7/1156, loạn năm Bảo Nguyên). Hai phe tấn công nhau trong nhiều tháng trời, kết quả là phe của Thiên hoàng được sự giúp đỡ của các võ sĩ trẻ do Minamoto Yoshitomo và Taira Kyomori chỉ huy giành thắng lợi. Thượng hoàng bị đi đày, phe của Thượng hoàng tan tác sau khi thua trận: người bị giết, người bị đi đày, sở lãnh bị tịch thu[7]. Khi Tameyoshi quy hàng Thiên hoàng, Go-Shirakawa yêu cầu con trai của ông ta là phải hành quyết cha, các em trai và cả các cháu hãy còn thơ ấu. Một người em dâu đã tự sát theo cả nhà sau đó. Đó là chuyện đã ghi lại trong Hogen Monogatari[8].

Sau cuộc loạn Hogen, Go-Shirakawa tiếp tục cai trị Nhật Bản. Nhưng họ Taira và Minamoto sau khi thắng lợi trong cuộc loạn Hogen đã đối đấu với nhau quyết liệt. Fujiwara no Michinori pháp danh Shinzei (Tín Tây) - người câu kết với Taira Kiyomori -lại làm mất lòng một cận thần khác cùng họ Fujiwara là Nobuyori. Ông Fujiwara thứ hai này kết đảng với Minamoto no Yoshitomo và mâu thuẫn với nhau gay gắt, cho đến khi Thiên hoàng thoái vị vẫn chưa xong.

Tháng 12/1158, Thiên hoàng Go-Shirakawa thoái vị, nhường ngôi cho con trai là thân vương Morihito. Ông này sẽ lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Nijō.